元山寺原名玄山庙，始建于南宋建炎元年（1127年），历史悠久。该庙供奉“北极真武玄天上帝”，与湖北武当山祖庭、佛山祖庙一脉相承。且加供奉释迦牟尼、观音菩萨、弥勒大佛、达摩祖师等佛像，故庙迹广为传扬。清康熙时，为避玄烨名讳，改“玄”为“元”，故名元山寺。

元山寺（Wonsan Temple），原名玄山寺，位于广东省陆丰市碣石镇汕尾玄武山旅游区内，始建于南宋建炎年（1127年），已有八百多年历史，后因避清代康熙玄烨的帝讳，改为元山寺。

元山寺是集宗教、文化、旅游于一体的旅游胜地，是粤东闽南语系群众和东南亚各国华侨的信仰中心。玄武山庙会至今已有200多年历史，影响范围甚广。2007年6月，被列入广东省第二批非物质文化遗产名录。

元山寺建筑格局为多组四合院对称式，坐北朝南，卧岗面海，依山递建，其建筑布局合理，结构严谨，计有山门、前殿、中殿、正殿、配殿、厅堂、院落，在右庑廊、方丈厅和僧房等建筑99间，是一座具有典型潮汕建筑风格和艺术特点的宫殿群体。

2001年6月25日，元山寺被中华人民共和国国务院公布为第五批全国重点文物保护单位。

南宋建炎元年（1127年），陆丰市碣石镇乡民在碣石北郊的山岗（原名圭山）上，建有一小庙，奉“北极玄武，元天上帝”之神像。

明洪武二十七年（1394年），碣石卫总兵建筑碣石卫城时将小庙改建为“玄武庙”。明万历五年（1577年），碣石卫总兵侯继高主持将玄武庙扩建成现存的规模，始称“玄山寺”。

清乾隆四十二年（1777年），住持僧石溪长老主持修建元山寺。

清道光十九年（1839年），住持僧别天长老主持修建元山寺庙宇。

清光绪六年（1880年），元山寺庙遭蚁蛀，由广东水师提督方耀、碣石镇总兵李扬升、邓万林与住持蹭释大同募集重建。

1981年，元山寺重建福星垒塔。

1986年，重建玄武山戏台，修复后的元山寺仍保存明清对代的古建筑风貌。

元山寺依山建筑，布局为多单体建筑四合院，采用了中轴对称的布局手法，建筑结构严谨，重斗叠拱，高脊飞檐，雕梁画栋，传统瓷贴，显得宏伟壮观。这种布局旨在烘托庄严、肃穆、神秘的宗教气氛。元山寺还利用建筑地基不断抬高和室内光线明暗递变来烘托宗教气氛，这是许多山寺建筑所惯于采用的方法，元山寺建筑的整体地基随山势而抬升，而且在整体建筑的内部其他地基也进行了分级抬高。从山门到正殿的神像，共有三处抬升，累计高差达3.66米。

元山寺建筑空间利用天井与建筑相交织，使整个寺庙具有空间变化的丰富性和连续性。天井的布局，加强了建筑空间变化，开合变化的丰富性。